L’entéropathie au gluten peut être dépistée par des tests sanguins; dosage des anticorps (Immunoglobuline A et G) et des auto-anticorps (anti-endomysium et anti-tranglutaminase). À la suite d’un test sanguin positif, une biopsie de la partie supérieure du petit intestin est requise pour établir le diagnostic définitif. Il est déconseillé de suivre un régime sans gluten avant que les tests sanguins et la biopsie soient complétés, et ce, pour obtenir un diagnostic plus précis.