Les symptômes s'apparentent souvent à d'autres maladies, notamment à ceux du côlon irritable, ainsi il est difficile d'en établir le diagnostic. Selon les résultats d'une enquête canadienne réalisée en 2007 sur la maladie coeliaque, après l'apparition des symptômes, environ 12 années ont été requises en moyenne pour poser le diagnostic de la maladie coeliaque chez les adultes. À cause de la grande variété des symptômes*, les patients ont fait état de consultations auprès de divers spécialistes médicaux, notamment auprès de gastro-entérologues, d'hématologues, de neurologues, de psychiatres et de dermatologues, avant que le diagnostic soit finalement établi.

*(Quelques symptômes courants: diarrhée récurrente, constipation, perte de poids ou embonpoint, douleurs abdominales, ballonnements, flatulences, anémie, fatigue, irritabilité, retard de croissance (chez l'enfant) crampes musculaires, désordres neurologiques inexpliqués. La nature, le  nombre et l'intensité des symptômes varient d'une personne à l'autre).

L'entéropathie au gluten peut être dépistée par des tests sanguins: détection des anticorps immunoglobulines A et G et des anticorps anti-endomysium et anti-transglutaminase. À la suite d'un test sanguin positif, une biopsie intestinale est requise pour établir le diagnostic définitif. Il est déconseillé de suivre un régime sans gluten avant que les tests sanguins et la biopsie soient complétés, et ce, pour obtenir un diagnostic plus pécis. Le diagnostic précoce de la maladie coeliaque peut faire toute la différence dans la qualité de vie d'une personne atteinte. Il est bien connu que des patients non détectés, et par conséquent non traités, sont exposés à un plus grand risque de complications graves à long terme telles que: lymphomes, maladie auto-immunes, infertilité, anémie, malnutrition, ostéoporose et affections psycho-neurologiques.